《尼尔：人工生命ver.1.22474487139…》一共包含5 个结局，分别为A、B、C、D、E。其中E 结局是本次升级版相比于2010 年发售的原版新追加的内容，其余4 个结局均与原版的解锁方式一致。
本文无剧透。
A 结局：
玩家在初次通关游戏时就会自动解锁该结局。
B 结局：
在完成A 结局之后，继续标记有A 结局的存档游玩，玩家不需要再次重头开始游戏，而是会直接从游戏的后半段开始。
在通往B 结局的第二周目里，游戏新增了几个过场，并通过小说文字的形式交代了凯妮和埃米尔的故事背景。
在打通第二周目后，就自动解锁B 结局。
C 结局：
在完成B 结局之后，继续标记有B 结局的存档游玩， 第三周目依旧会直接从游戏的后半段开始，玩家必须在这一周目收集齐全部33 把武器（也可以在一二周目中完成，不需要把武器升满级）。
推荐在最终BOSS 战之前的存档点进行存档。
在打败新的最终BOSS 后，选择第一个选项“结束XX 的生命……”（“X”为防剧透处理）。
随即解锁C 结局，并将已经解锁了C 结局的存档存于另一个存档位上，不要让其覆盖最终BOSS 前的存档。
D 结局：
读取第三周目中最终BOSS 前的存档。
同样是打败新的最终BOSS，选择第二个选项“用……”，并在随后出现的三个选项中均选择“是”。
Ｄ 结局解锁。
E 结局：
完成D 结局后开启一次新的游戏，并且本次新游戏中玩家的名字不能与之前的名字一致。
在这次新的周目里，玩家要推进到打败「崖之村」 BOSS 的进度，随后与凯妮对话，之后便会进入一段与此前不同的新流程，时长约50 分钟。
在完成这段新的流程后，玩家会面对一个选项：“确定要带回重要的人”。
选择“是”。
友情提示：
只有在这一段新追加的流程中，玩家才有机会获得奖杯「不惧危险」（已确认那个秘密10次以上。），想获得的朋友请务必不要忘记了。
